Nejvýznamější akcí československých vysokoškoláků byla manifestace 17. listopadu 1989, která se stala pro bezohledný zásah bezpečnostních sil roznětkou revoluce. Tuto manifestaci připravovali jak nezávislí studenti, tak i svazáci, konkrétně zástupci městské vysokoškolské rady. Nezávislí studenti se museli rozhodnout, zda celou akci organizovat samostatně, tzn. jako nepovolenou demonstraci, nebo společně se SSM, zastoupeným městskou vysokoškolskou radou. Druhá varianta umožňovala získat úřední povolení, což mohlo ovlivnit charakter manifestace a zajistit daleko větší účast studentů. Konečná dohoda obou stran byla výsledkem kompromisu. Městská vysokoškolská rada svolala, aby na shromáždění promluvil zástupce nezávislých studentů, "nezávislí" po několika jednáních přijali svazáky navrženou trasu průvodu. Obě strany nakonec souhlasily, že průvod půjde z Albertova na Vyšehrad ke hrobu Karla Hynka Máchy, kde se účastníci rozejdou. Prosadit tuto dohodu se svazáky nebylo mezi nezávislými studenty snadné. Na schůzce 9. listopadu u Máchova pomníku na Petříně se zástupci nezávislých studentů z devíti fakult vyslovili pro dohodu, zatímce sedm jejich kolegů bylo proti a jeden se zdržel hlasování. Mezi tím byl v tisíci exemplářích rozmnožen leták s názvem "Vemte s sebou květinu", vyzývající k účasti na manifestaci, v němž byla uvedena trasa z Albertova přes Karlovo náměstí, Štěpánskou ulici a Václavské náměstí do parčíku před Hlavním nádražím, kde měla být pietní vzpomínka zakončena.

Byl dán rozkaz ministra vnitra ČSSR Františka Kincla, jímž vyhlásil mimořádnou bezpečnostní akci v době od 8. hodiny ranní 17. listopadu 1989 a uložil náčelníkům jednotlivých správ SNB zabezpečit veřejný klid a pořádek. Sešel se František Kincl s generálním tajemníkem ÚV KSČ Miloušem Jakešem a s Miroslavem Štěpánem a shodli se na tom, že přes všechna bezpečnostní opatření nesmí z politických důvodů dojít k zásahu. Stejný názor zastával i předseda vlády ČSSR Ladislav Adamec.

Komunističtí funkcionáři se dostali do neřešitelné situace: z politických důvodů nemohli pietní manifestaci k uctění protifašistického vystoupení studentů zakázat, ale současně nechtěli připustit její přeměnu v protirežimní vystoupení. Na Albertově začala studentská manifestace projevem Martina Klímy za nezávislé studenty, který řekl: "Obrana svobody - základního rozměru lidského života, obrana národní sebeúcty - to je poselství studentských demonstrací z počátku nacistické okupace. Toto poselství k nám přichází v době, kdy se mnozí studenti dožadují práva na svobodnou, nezávislou existenci. Dnes nebudeme jen pietně vzpomínat, jde nám o přítomnost a ještě více o budoucnost!." Jeho proslovu přítomní aplaudovali a přerušovali jej výkřiky: Svoboda!. Poté vystoupil zástupce SSM Jiří Jaskmanický, jehož proslov byl přerušován pískotem.

Rozhodující moment nastal po skončení shromáždění na Albertově. Organizátoři, kteří se snažili dodržet dohodu o trase, museli vyvinout veškeré úsilí, aby davy lidí obrátili na Vyšehrad. Průvod, který měl podle některých odhadů asi 50 000 účastníků, tedy nebývalý a dosud nikdy nedosažený počet, se pohyboval po nábřeží a u Národního divadla zahnul na Národní třídu, kde mu v dalším postupu zabránily pořádkové oddíly. Skupina asi 2000 manifestantů, která byla na Národní třídě uzavřena mezi dvěma kordony pořádkových sil a neměla kam odejít, se chovala pokojně. Demonstranti zachovávali klid, jejich postoj charakterizovalo nejlépe heslo "Máme holé ruce" a gesto dívek, které dávaly příslušníkům bezpečnosti za štíty květiny, jež si s sebou spolu se svíčkami na manifestaci přinesly. Po půl deváté začaly policejní kordony sevřenou masu směrem k uličkám, ve kterých byli prchající lidé surově biti. Demonstraci policie rozptýlila ve 21:10. Ještě potom policisté a takzvané červené barety napadali jednotlivce v okolních ulicích a metru. Cenzurou posvěcená zpráva Československé tiskové kanceláře to popsala slovy: "Vzhledem k tomu, že pokusy o protispolečenské vystoupení pokračovaly i po skončení vzpomínkové akce, byly pořádkové jednotky nuceny přijmout opatření k zajištění klidu a pořádku." Nezávislá vyšetřovací komise zdravotníků později uvedla, že při policejním zákroku bylo zraněno 568 lidí.
Po skončení demonstrace se studenti uměleckých škol rozešli do pražských divadel, popisovali tam co se stalo a žádají herce o podporu. Uvažuje se o stávce v divadlech a na vysokých školách.